Abril O'Neil, una reportera, investiga los recientes robos de numerosas tecnologías, supuestamente cometidos por ninjas. Un encuentro con unos ladrones la lleva a una historia mayor cuando es salvada de los criminales por cuatro tortugas ninjas.

Destructor secuestra al Maestro Splinter en un intento de atraer a las Tortugas a su propio fin. Para rescatar al Maestro, las Tortugas deben adentrarse en la fortaleza móvil de Destructor y enfrentarse a su peligroso armamento.

Baxter Stockman, un científico loco, muestra a un exterminador su nuevo invento: un robot cazador de ratas.

Destructor experimenta con el portal interdimensional, con la esperanza de contactar a los Soldados de Roca de Krang y prepara una invasión en la Tierra.

Destructor atrae al Maestro Splinter al Tecnódromo con la promesa de que un arma en su poder puede devolverle su forma humana.

Destructor entrena estudiantes en la Academia de artes marciales para crear una banda malvada de tortugas ninja. Los crímenes de las tortugas falsas ponen a la gente en contra de las Tortugas Ninja: Miguel Ángel, Rafael, Donatello y Leonardo.