T11, E1: Seis meses después de los eventos de la temporada pasada, Booth, Brennan, su hija Christine y el nuevo bebé están viviendo una vida de ensueño, a un mundo de distancia de la vida llena de asesinatos que dejaron atrás. Pero un caso con estrechos lazos personales con la pareja obliga a Brennan a involucrarse en el análisis forense de los restos, y Booth desaparece misteriosamente, provocando una investigación del FBI sobre su paradero, dirigida por la agente Grace Miller, que trabaja estrechamente con el agente del FBI James Aubrey en el caso. Sin embargo, las tensiones aumentan cuando Miller intenta investigar a uno de los suyos como principal sospechoso. El caso también pone a Brennan en contacto con un miembro de la familia de Booth, y el interno Arastoo Vaziri, que ha oficiado como antropólogo forense principal durante la ausencia de Brennan, espera que el puesto temporal se convierta en permanente.