Patrick Jane renuncia a CBI para poder probar que un presunto asesino es inocente, después de que el prisionero promete darle información sobre Red John en cuanto sea liberado.
McGarrett y la Cinco-0 vuelven a enredarse en los retorcidos juegos mentales de la asesina serial Madison Gray cuando esta, cubierta de sangre que coincide con la de Alicia Brown, entra tambaleante a la comisaría y aduce amnesia.
Chandler y su tripulación buscan respuestas en una ciudad asiática poco confiable. Mientras tanto, Slattery comienza a descubrir la verdad sobre su difícil situación.
En el segundo de los dos capítulos consecutivos del estreno de la tercera temporada, Chandler descubre una manera de regresar con su antigua tripulación e investiga a un enemigo nuevo.
En el primer capítulo de la temporada tres, Chandler viaja a Asia a investigar una posible mutación de la Gripe Roja, mientras Slattery y su tripulación enfrentan una amenaza en la región.