Es el año 2034 y el rostro del terrorismo ha cambiado. Ahora, sin estar limitada al mundo material, la guerra contra el terrorismo ha explotado por Internet. En un intento por enfrentar esta nueva amenaza, se formó una unidad élite antiterrorismo y anticrimen: la Sección Policial de Seguridad Pública 9. Han pasado dos años desde que la comandante del equipo, la Mayor Motoko Kusanagi, renunció a su puesto. Tras una serie de suicidios misteriosos, la Sección 9 se ve obligada a enfrentar al Maestro de marionetas, un peligroso pirata informático con habilidades inigualables. A medida que su investigación los adentra cada vez más en las entrañas de un posible complot gubernamental, la Sección 9 se cruza nuevamente con la Mayor, pero ¿su repentina reaparición es más que una coincidencia o ella está relacionada de algún modo con el Maestro de marionetas? ¡Nadie está libre de sospecha en esta continuación llena de acción de la saga Ghost in the Shell: Stand Alone Complex!