Gravemente herida en un extraño accidente, Olivia es perseguida por un ser metamórfico que está relacionado con los experimentos que Walter realizó años atrás.
Mientras Scully está comatosa batallando por su vida, Mulder descubre pistas de la abducción que lo llevan a enfrentar al Fumador.
Los agentes se enfrentan a su viejo enemigo, Alex Krycek, mientras van tras un ente radioactivo que fue liberado de un naufragio hundido en la Segunda Guerra Mundial.