Una joven agente del FBI debe vigilar a otro agente, pero ella se involucra en sus investigaciones de fenómenos paranormales e inexplicados.
Al regresar a la escena de su primera investigación hace siete años, Mulder y Scully encuentran un ovni que puede significar el final de su relación.
Mulder busca respuestas al encontrar una conexión entre Billy Miles y miembros del FBI. Scully y Reyes encuentran refugio en un lugar remoto mientras Scully se prepara para dar a luz.
Después de enterrar a Mulder, el cuerpo de una persona abducida por alienígenas vuelve a la vida y le da a Scully y a Skinner esperanza.
Billy Miles, quien parece ser imparable, empieza a asesinar científicos que realizan investigaciones genéticas, y ahora su objetivo es Scully.