Kubo kasabadaki insanlara origami yoluyla olağanüstü etkileyici hikayeler anlatan yetenekli, kendi halinde bir çocuktur. Bir gün yanlışlıkla geçmişten, intikam peşinde koşan bir ruhun gelmesine sebep olur. Bunun üzerine Kubo kendi geçmişinin gizemlerini çözmek, eski bir samuray olan babasının ölümünün ardındaki sırları açığa çıkarmak için zorlu bir yolculuğa çıkar.
