S1, F1: Von Mark Harmon erzählt, folgt NCIS: ORIGINS dem jungen Leroy Jethro Gibbs (Austin Stowell) im Jahr 1991, vor NCIS. Gibbs beginnt als Agent im neuen NCIS-Camp Pendleton und erkämpft sich einen Platz im Draufgänger-Team der Legende Mike Franks.