Die Fortsetzung von Quarantine aus dem Jahre 2008 beginnt später in derselben Nacht auf dem Flughafen von LA, als Passagiere ein Flugzeug nach Nashville besteigen. Als ein Passagier plötzlich an einem tollwutähnlichen Virus erkrankt, vollführt die Maschine eine Notlandung auf einem Stadtflughafen. Jenny, eine heldenhafte, aber unerfahrene Flugbegleiterin, übernimmt die Führung. Als ein Schwarm bestens ausgerüsteter Notfallfahrzeuge und die Polizei auftauchen, bemerken Jenny und die Passagiere bald, dass sie in Quarantäne gesteckt wurden und jetzt gefangen sind. Im verzweifelten Wunsch nach Flucht sucht Jenny die Hilfe eines der überlebenden Passagiere, Henry, um einen Fluchtplan auszutüfteln.