Die Enterprise fängt einen Notruf auf und entdeckt dabei ein Schläferschiff aus dem 20. Jahrhundert. Die Passagiere unter der Führung des Diktators Khan Noonien Singh beginnen kurz darauf die Enterprise zu übernehmen.
Die Enterprise wird von dem Androiden Norman auf einen Planeten der Klasse K entführt, der von einem gewissen Mudd I. regiert wird.
Durch einen Transporterunfall werden Kirk, Scott, McCoy und Uhura mit Gegenstücken von einem brutalen parallelen Universum ausgetauscht. Sie müssen lang genug überleben, um einen Weg zu finden, auf die Enterprise zurückzukehren.
Die USS Enterprise soll ermitteln, was mit den Kolonisten auf dem Planeten Omicron Ceti III geschehen ist. Zu der Kolonie besteht kein Kontakt mehr, und man vermutet, sie seien alle tot, doch man findet die Kolonisten alle in bestem gesundheitlichem Zustand vor.
Die Klingonen haben den Planeten Organia besetzt. Allerdings unternehmen die Organier keine Versuche, sich gegen die Invasoren zu wehren. Die Enterprise soll den Vormarsch der Klingonen so lange aufhalten, bis Verstärkung der Sternenflotte eintrifft.
