Callie Thorne

Als Michael aus dem Botanischen Garten in Utah 3200 Nitroglycerin-Ampullen, die er dort vor seiner Verhaftung versteckt hat, holen will, liegt das FBI bereits auf der Lauer, was ihn solange irritiert, bis er aus dem Fernsehen erfährt, das Mahone im Besitz der Festplatte des Computers ist, mit dem Michael Ausbruch und Flucht geplant hatte. Daraufhin beschließt er, Mahones Vergangenheit per Internet genauer unter die Lupe zu nehmen und kommt dabei Mahones schrecklichem Geheimnis auf die Schliche. Unterdessen versucht C-Note gemeinsam mit seiner alten Gang, die ihm noch einen Gefallen schuldet, alles, um seine Ehefrau Kaycee und die gemeinsame Tochter Dede, die vom FBI überwacht werden, wieder in seine Arme zu schließen und gemeinsam mit ihnen nach Mexiko fliehen zu können. Doch wer weiß, ob Kaycee sich darauf einlässt, nachdem sie massiv eingeschüchtert wurde. Bellick und Geary hingegen finden heraus, dass sich T-Bag auf dem Weg zum Haus der Frau befindet, die er als einzigen Menschen je geliebt hat, und von der er, aus seiner Sicht sehr schmählich, verraten wurde. Da die beiden Ex-Wärter fest davon überzeugt sind, dass T-Bag die Millionen gefunden hat, legen sie sich also vor jenem Haus auf die Lauer. Lincoln und L.J. holen inzwischen auf der Flucht alles nach, was ihnen seit Jahren verwehrt war: von Vater/Sohn-Gesprächen bis hin zu Vater/Sohn-Streitigkeiten. Schade nur, dass sie dabei wieder in die Fänge der Polizei geraten ...

Michael besorgt sich in einem Store medizinisches Nitroglyzerin und sucht mit Hilfe eines GPS-Gerätes den verschlüsselten Treffpunkt in der Wüste. Die Worte 'Bolshoi Booze' entpuppen sich als Zahlen, die die Koordinaten für diese Stelle in der Wüste bezeichnen. Dort trifft sich Michael mit Coyote, einem Mexikaner, der ihm im Austausch für das Nitroglyzerin ein Drogen-Schmuggelflugzeug nach Mexiko besorgen will. Doch Coyote spielt ein falsches Spiel. Er versucht, Zeit zu gewinnen. Als er behauptet, das Nitroglyzerin sei nur Zuckerwasser, eskaliert die Situation. Doch im letzten Moment erscheint Sucre, der Coyote anschießt. Unterdessen stöbert T-Bag Geary mittels eines Peilsenders auf und bringt ihn um. Als Bellick nach seinem vermeintlichen Überfall das Krankenhaus verlässt, liefert man gerade den Leichnam von Geary an. Bellick wird sofort von Detektiv Slattery verdächtigt und noch einmal befragt. Kellerman ist mit Sara in einem Motelzimmer. Um von ihr zu erfahren, was ihr Vater ihr vor dessen Tod gegeben hat, fesselt er Sara und droht sie in der Badewanne zu ertränken. Doch Sara schweigt. Als Kellerman am Telefon von Kim den Auftrag erhält, Sara zu töten, versucht er sein Glück ein letztes Mal.

Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent, um Michael und Lincoln in Sicherheit zu bringen. Er chartert einen Privatjet und fliegt zu Steadmans Versteck, wo dieser quicklebendig herumspaziert. Kellerman kidnappt Steadman und fährt mit den dreien zu einem Motel. Bellick wird von einem Mithäftlich namens Banks, einem Muskelpaket, im Knast schikaniert. Doch Bellick wehrt sich, als Banks nicht genug kriegen kann. Banks hat allerdings längst die Wärter der Nachtschicht auf seiner Seite, die einst von Bellick schlecht behandelt wurden. Mahone hat den Schuss von Kellerman überlebt und teilt Kim mit, dass er aussteigt. Im Krankenhaus erfährt er von seiner Frau, dass sein Sohn einen schweren Autounfall hatte. Als Mahone klar wird, dass dieser Unfall von Kims Leuten verursacht wurde, sichert Mahone Kim wieder seine Loyalität zu. Doch die Leiche in seinem Kofferraum spricht eine andere Sprache. C-Note erfährt, dass seine Frau Kacee nicht auf Kaution freigelassen wird. C-Note ist verzweifelt und will sich stellen, doch Kacee bittet ihn, sich um das gemeinsame Kind Dede zu kümmern. Steadman ist die letzte Chance für Michael, Lincoln und Kellerman, ihr altes Leben zurückzubekommen. Doch Kellerman macht den anderen klar, dass man Steadman nur als einen Doppelgänger identifizieren würde, da ihm Gesichtsteile umoperiert, die Fingerkuppen verätzt und DNS-Proben vernichtet wurden, also alles geändert hat, womit man Steadman hätte hundertprozentig identifizieren können.

Michael entscheidet sich, Mahone das Boot im Austausch gegen seinen Bruder auszuhändigen. Er bringt das Boot zu dem Hafen, wo sich Mahone und Lincoln in einem Lagerhaus aufhalten. Die Übergabe platzt, da Mahone nicht nur Kim, sondern auch die Polizei hinzugerufen hatte. Mahones Plan sah vor, dass er Kim erschießt und diesen Mord den beiden Brüdern anhängt, die dann sofort von der Polizei verhaftet werden. Doch Kim kommt nicht allein. Es kommt zur Schießerei im Lagerhaus, bei der Mahone mit dem Boot und Michael und Lincoln zu Fuß entkommen können. Kellerman legt vor Gericht ein volles Geständnis ab. Da er seine Behauptungen dokumentieren kann, wird Sara sofort auf freien Fuß gesetzt. Außerdem werden sämtliche Anklagepunkte gegen Lincoln fallen gelassen. Er ist wieder ein freier Mann. Sara hört ihre Mailbox ab, auf der Michael eine Nachricht hinterlassen hatte, und erfährt so, wo sich die beiden aufhalten. Kellerman wird verhaftet. Auf dem Weg ins Gefängnis wird der Gefangenentransporter gestoppt. Bewaffnete Männer öffnen den Wagen, stehen Kellerman und den Bewachern gegenüber und eröffnen das Feuer. Scheinbar soll Kellerman getötet werden.

Dem Mafiaboss Leo Barelli wird eine Bibel gestohlen. Caffrey und Burke sollen sie finden und zurückholen.