Callie Thorne

Sherlock Holmes ist schlecht gelaunt, weil Watson in seinem Vorleben rumgeschnüffelt und ihn mit der mysteriösen Irene Adler konfrontiert hat. Eingeschnappt beginnt er die Ermittlungen zu seinem neuen Fall allein. Ein Doppelmord führt den Detektiv ebenfalls in die Vergangenheit: Es gibt Parallelen zu Morden vor 13 Jahren. Damals wurde Wade Crewes als Täter verurteilt. Weil der noch im Gefängnis sitzt, fragt sich Holmes, ob Crewes wirklich der Schuldige war.

Dem Mafiaboss Leo Barelli wird eine Bibel gestohlen. Caffrey und Burke sollen sie finden und zurückholen.

Als Michael aus dem Botanischen Garten in Utah 3200 Nitroglycerin-Ampullen, die er dort vor seiner Verhaftung versteckt hat, holen will, liegt das FBI bereits auf der Lauer, was ihn solange irritiert, bis er aus dem Fernsehen erfährt, das Mahone im Besitz der Festplatte des Computers ist, mit dem Michael Ausbruch und Flucht geplant hatte. Daraufhin beschließt er, Mahones Vergangenheit per Internet genauer unter die Lupe zu nehmen und kommt dabei Mahones schrecklichem Geheimnis auf die Schliche. Unterdessen versucht C-Note gemeinsam mit seiner alten Gang, die ihm noch einen Gefallen schuldet, alles, um seine Ehefrau Kaycee und die gemeinsame Tochter Dede, die vom FBI überwacht werden, wieder in seine Arme zu schließen und gemeinsam mit ihnen nach Mexiko fliehen zu können. Doch wer weiß, ob Kaycee sich darauf einlässt, nachdem sie massiv eingeschüchtert wurde. Bellick und Geary hingegen finden heraus, dass sich T-Bag auf dem Weg zum Haus der Frau befindet, die er als einzigen Menschen je geliebt hat, und von der er, aus seiner Sicht sehr schmählich, verraten wurde. Da die beiden Ex-Wärter fest davon überzeugt sind, dass T-Bag die Millionen gefunden hat, legen sie sich also vor jenem Haus auf die Lauer. Lincoln und L.J. holen inzwischen auf der Flucht alles nach, was ihnen seit Jahren verwehrt war: von Vater/Sohn-Gesprächen bis hin zu Vater/Sohn-Streitigkeiten. Schade nur, dass sie dabei wieder in die Fänge der Polizei geraten ...

Michael besorgt sich in einem Store medizinisches Nitroglyzerin und sucht mit Hilfe eines GPS-Gerätes den verschlüsselten Treffpunkt in der Wüste. Die Worte 'Bolshoi Booze' entpuppen sich als Zahlen, die die Koordinaten für diese Stelle in der Wüste bezeichnen. Dort trifft sich Michael mit Coyote, einem Mexikaner, der ihm im Austausch für das Nitroglyzerin ein Drogen-Schmuggelflugzeug nach Mexiko besorgen will. Doch Coyote spielt ein falsches Spiel. Er versucht, Zeit zu gewinnen. Als er behauptet, das Nitroglyzerin sei nur Zuckerwasser, eskaliert die Situation. Doch im letzten Moment erscheint Sucre, der Coyote anschießt. Unterdessen stöbert T-Bag Geary mittels eines Peilsenders auf und bringt ihn um. Als Bellick nach seinem vermeintlichen Überfall das Krankenhaus verlässt, liefert man gerade den Leichnam von Geary an. Bellick wird sofort von Detektiv Slattery verdächtigt und noch einmal befragt. Kellerman ist mit Sara in einem Motelzimmer. Um von ihr zu erfahren, was ihr Vater ihr vor dessen Tod gegeben hat, fesselt er Sara und droht sie in der Badewanne zu ertränken. Doch Sara schweigt. Als Kellerman am Telefon von Kim den Auftrag erhält, Sara zu töten, versucht er sein Glück ein letztes Mal.

Nach seinem erfolgreichen Ausbruch aus Sona lebt Michael nur noch dafür, Saras Tod zu rächen. Deshalb verfolgt er Whistler bis nach Los Angeles, der dort gemeinsam mit Saras Mörderin Gretchen und Mahone versucht, in den Besitz einer Speicherkarte zu gelangen, auf der sich eine Datei namens 'Scylla' befindet. Diese 'Scylla' enthält hochbrisante Informationen, mit denen man die Company zur Strecke bringen könnte. Während der Suche nach der Karte versichert Gretchen Michael glaubhaft, dass Sara noch immer lebt. Und während Michael daraufhin alles versucht, um Sara wiederzufinden, übergibt Gretchen die erbeutete Speicherkarte ihrem Boss, der aber schnell herausfindet, dass sich darauf nur eine Kopie der 'Scylla'-Daten befindet, die von Whistler heimlich angefertigt wurde. Und so gerät Gretchen an diesem Tag ein zweites Mal in große Lebensgefahr ... Unterdessen überzeugt Mahone Michael davon, sich mit Whistler zu treffen. Bei diesem Treffen schafft es Whistler gerade noch, Michael zu bestätigen, dass Sara noch lebt und ihn in Details über 'Scylla' einzuweihen, bevor der Company-Agent Wyatt auftaucht und Whistler erschießt. Leider erhält Wyatt auch den Auftrag, jeden aufzuspüren und aus dem Weg zu räumen, der mit Whistler irgendwie in Verbindung gestanden hat.

Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent, um Michael und Lincoln in Sicherheit zu bringen. Er chartert einen Privatjet und fliegt zu Steadmans Versteck, wo dieser quicklebendig herumspaziert. Kellerman kidnappt Steadman und fährt mit den dreien zu einem Motel. Bellick wird von einem Mithäftlich namens Banks, einem Muskelpaket, im Knast schikaniert. Doch Bellick wehrt sich, als Banks nicht genug kriegen kann. Banks hat allerdings längst die Wärter der Nachtschicht auf seiner Seite, die einst von Bellick schlecht behandelt wurden. Mahone hat den Schuss von Kellerman überlebt und teilt Kim mit, dass er aussteigt. Im Krankenhaus erfährt er von seiner Frau, dass sein Sohn einen schweren Autounfall hatte. Als Mahone klar wird, dass dieser Unfall von Kims Leuten verursacht wurde, sichert Mahone Kim wieder seine Loyalität zu. Doch die Leiche in seinem Kofferraum spricht eine andere Sprache. C-Note erfährt, dass seine Frau Kacee nicht auf Kaution freigelassen wird. C-Note ist verzweifelt und will sich stellen, doch Kacee bittet ihn, sich um das gemeinsame Kind Dede zu kümmern. Steadman ist die letzte Chance für Michael, Lincoln und Kellerman, ihr altes Leben zurückzubekommen. Doch Kellerman macht den anderen klar, dass man Steadman nur als einen Doppelgänger identifizieren würde, da ihm Gesichtsteile umoperiert, die Fingerkuppen verätzt und DNS-Proben vernichtet wurden, also alles geändert hat, womit man Steadman hätte hundertprozentig identifizieren können.