Leon Russom

Special Agent Dana Scully, die als Ausbilderin an der FBI-Akademie in Virginia tätig ist, erhält eines Tages den Auftrag, die Arbeit ihres Kollegen Fox Mulder genauer in Augenschein zu nehmen. Mulder glaubt an paranormale Phänomene und außerirdisches Leben und ermittelt beim FBI bei jenen Fällen, die in diesen Bereich fallen könnten. Die Wissenschaftlerin Scully ist da wesentlich skeptischer.

FBI-Agent Mahone bekommt von Bill Kim den Auftrag, Lincoln und Michael auf dem Weg ins Gefängnis zu erschießen. Doch es bietet sich keine Gelegenheit. Mahone darf während der Überführung zum Fox River Gefängnis nicht im Gefangenentransporter sitzen, er muss im Begleitfahrzeug mitfahren. Doch er scheint von Agent Kellerman unerwartet Schützenhilfe zu erhalten, da dieser auch Michael und Lincoln nach dem Leben trachtet und ihnen auf der Fahrt ins Gefängnis eine Falle stellt. Sucre und der mexikanische Pilot werden von der Grenzpolizei in der Luft attackiert. Ihre letzte Chance bleibt der Absprung mit dem Fallschirm mitten in der Wüste. Sucre hat Angst, aber ihm bleibt nichts anderes übrig. Er springt ab und landet unversehrt. Dieses Glück ist dem Piloten, dessen Fallschirm sich unglücklicherweise nicht ordnungsgemäß öffnet, leider nicht beschieden. Bellick wird wegen Mordes angeklagt. Ihm droht die Todesstrafe. Er und sein Anwalt gehen einen Deal mit der Staatsanwaltschaft ein. Bedingung ist, dass Bellick seine dann auf 25 Jahre reduzierte Strafe in Illinois absitzen darf, in der Hoffnung, in Fox River seine Beziehungen und seine ehemalige Autorität als Wärter ausnutzen zu können. Doch der neue Direktor lässt keinerlei Privilegien mehr zu. Bellick ist der Rache der Häftlinge ausgesetzt.

Nach seinem erfolgreichen Ausbruch aus Sona lebt Michael nur noch dafür, Saras Tod zu rächen. Deshalb verfolgt er Whistler bis nach Los Angeles, der dort gemeinsam mit Saras Mörderin Gretchen und Mahone versucht, in den Besitz einer Speicherkarte zu gelangen, auf der sich eine Datei namens 'Scylla' befindet. Diese 'Scylla' enthält hochbrisante Informationen, mit denen man die Company zur Strecke bringen könnte. Während der Suche nach der Karte versichert Gretchen Michael glaubhaft, dass Sara noch immer lebt. Und während Michael daraufhin alles versucht, um Sara wiederzufinden, übergibt Gretchen die erbeutete Speicherkarte ihrem Boss, der aber schnell herausfindet, dass sich darauf nur eine Kopie der 'Scylla'-Daten befindet, die von Whistler heimlich angefertigt wurde. Und so gerät Gretchen an diesem Tag ein zweites Mal in große Lebensgefahr ... Unterdessen überzeugt Mahone Michael davon, sich mit Whistler zu treffen. Bei diesem Treffen schafft es Whistler gerade noch, Michael zu bestätigen, dass Sara noch lebt und ihn in Details über 'Scylla' einzuweihen, bevor der Company-Agent Wyatt auftaucht und Whistler erschießt. Leider erhält Wyatt auch den Auftrag, jeden aufzuspüren und aus dem Weg zu räumen, der mit Whistler irgendwie in Verbindung gestanden hat.

Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent und bewahrt Michael und Lincoln vor einer Verhaftung. In einer abgelegenen Lagerhalle nehmen die Brüder ein Video auf, auf dem sie die ganzen Hintergründe des Komplotts darlegen und spielen dieses Band einem Fernsehsender in die Hände. Als Mahone das Video zu sehen bekommt, versucht er sofort, Hinweise zu finden, die auf den Standort von Michael und Lincoln hinweisen können. Außerdem ist Mahone davon überzeugt, dass in dem Video eine Botschaft steckt. Er stattet Bellick einen Besuch im Gefängnis ab, um die Botschaft entschlüsseln zu können. Tatsächlich erklärt ihm Bellick, dass Teile der Rede an Sara aus dem Buch der Anonymen Alkoholiker stammen. Mahone besorgt sich das Buch, findet die Stellen und entschlüsselt die Botschaft, die Michael an Sara geschickt hat, um sich mit ihr zu treffen. An dem von Michael ausgewählten Treffpunkt, einem Krankenhaus, erscheint Sara zwar nicht, aber sie ruft dort Michael an. Michael verspricht ihr, das Rätsel um den Schlüssel zu lösen, damit beide endlich ihren Frieden finden können. Draußen vor dem Krankenhaus wird derweil Kellerman von der Präsidentin höchstpersönlich angerufen, die ihm verspricht, dass alles wieder so werden wird, wie es einmal war - vorausgesetzt, Kellerman bringt ihr die beiden Brüder ...

Michael entscheidet sich, Mahone das Boot im Austausch gegen seinen Bruder auszuhändigen. Er bringt das Boot zu dem Hafen, wo sich Mahone und Lincoln in einem Lagerhaus aufhalten. Die Übergabe platzt, da Mahone nicht nur Kim, sondern auch die Polizei hinzugerufen hatte. Mahones Plan sah vor, dass er Kim erschießt und diesen Mord den beiden Brüdern anhängt, die dann sofort von der Polizei verhaftet werden. Doch Kim kommt nicht allein. Es kommt zur Schießerei im Lagerhaus, bei der Mahone mit dem Boot und Michael und Lincoln zu Fuß entkommen können. Kellerman legt vor Gericht ein volles Geständnis ab. Da er seine Behauptungen dokumentieren kann, wird Sara sofort auf freien Fuß gesetzt. Außerdem werden sämtliche Anklagepunkte gegen Lincoln fallen gelassen. Er ist wieder ein freier Mann. Sara hört ihre Mailbox ab, auf der Michael eine Nachricht hinterlassen hatte, und erfährt so, wo sich die beiden aufhalten. Kellerman wird verhaftet. Auf dem Weg ins Gefängnis wird der Gefangenentransporter gestoppt. Bewaffnete Männer öffnen den Wagen, stehen Kellerman und den Bewachern gegenüber und eröffnen das Feuer. Scheinbar soll Kellerman getötet werden.

Sara ist auf dem Weg zu Michael und Lincoln, die auf einem Frachter auf sie warten. Sie bemerkt, dass sie vom FBI verfolgt wird und spielt Michael am Telefon vor, dass sie schon auf dem Schiff sei. Sara wird verhaftet, das Schiff legt ohne sie ab, und Michael will sofort wieder an Land, um Sara zu helfen, wovon ihn Lincoln abhält. Die beiden gehen in Panama vom Schiff. Bellick und Sucre versuchen, T-Bag zu finden, um an die Millionen zu kommen. Sie klappern erfolglos alle Bahnhöfe, Buslinien, Mietwagenfirmen und Hotels ab. Von einem Mitarbeiter in einem Fremdenverkehrsbüro erfahren sie schließlich, dass T-Bag als Mr. E. Stammel einen Flug nach Panama gebucht hat. C-Note wird von Wheeler und Sullins, einem Mitarbeiter der Dienstaufsichtsbehörde des FBI, unter Druck gesetzt, gegen Mahone auszusagen. Doch C-Note fordert, dass er frei gelassen wird und eine neue Identität bekommt. Das alles gewährt ihm das FBI. C-Note wird auf freien Fuß gesetzt, darf zu seiner Familie, fällt unter das Zeugenschutzprogramm, bekommt eine neue Identität, eine neue Adresse - und verspricht im Gegenzug dazu, gegen Mahone auszusagen.