Der Pinguin steht wegen Galavans Mord im Rampenlicht, aber lässt Gordon nicht so leicht davonkommen. Inzwischen untersuchen Gordon und Bullock die Leichendiebstähle von Victor Fries (Gaststar Nathan Darrow), einem von Gothams herausragenden Kryogenikingenieuren… während der Zorn der Bösewichte weitergeht. Gaststar BD Wong tritt als Dr. Hugo Strange auf.
Als Bruce Wayne entführt wird, muss Gordon Hilfe bei einigen unwahrscheinlichen und gefährlichen Helfern suchen. Diese Schlacht der Schurken des Herbstfinales wird nicht jeder überleben!
Nachdem Barbara Arkham Asylum verlassen hat, will sie die Sache mit Gordon bereinigen. Bruce und Alfred verfolgen einen Ex-Freund von Thomas Wayne, aber Dr. Strange kommt ihnen in die Quere.
Während Gordon, Bruce und Lucius in Indian Hill bleiben, wird Gotham einer neuen Bedrohung ausgesetzt, als Hugo Stranges Insassen im Finale der zweiten Staffel einen Fluchtplan schmieden.
Einige von Gothams schlimmsten Schurken - darunter Mr. Freeze und Firefly - tun sich zusammen, während der Riddler seine Eroberung der Stadt fortsetzt.