In der ersten Folge beschließt die abtrünnige Nikita, gespielt vom internationalen Actionstar Maggie Q, die geheime US-Behörde, die sie als Killerin ausgebildet hat, zu vernichten.
Als eine Bombe den Präsidenten und andere hochrangige Politiker tötet, muss das eher zurückhaltende Kabintettsmitglied Tom Kirkman plötzlich das Zepter einer Regierung im Chaos übernehmen.
Der Antrieb der Zeitmaschine verliert Energie. Um Cole aus der Vergangenheit zurückzuholen, muss Jones ihre ehemaligen Kollegen, die die militärische Operation leiten, davon überzeugen, dass sich ihr Auftrag lohnen wird.
Der Hauptingenieur einer Softwareentwicklungsfirma wird als Geisel genommen. Die junge Chefin des Unternehmens, Addison Reid, schaltet Eric Beaumont ein. Die Verhandlungen mit dem Entführer werden von Dritten manipuliert.
Cole befindet sich im Jahr 2017, die Seuche ist auf ihrem Höhepunkt. Da sie keine Wahl hat, unternimmt Jones einen ungeheuerlichen Schritt, um die Energiequelle der Zeitmaschine zu ersetzen.