Im St. Stephens wird die 20jährige Emily von einem Maskierten entführt. Wie sich herausstellt, ist sie die Freundin des Entführers Nolan. Er wollte sie dort rausholen, um mit ihr zusammen zu sein.
Unerklärliche Bombenanschläge gefährden Unschuldige. Dem Fringe-Team des FBI bleibt nur wenig Zeit, um der geheimnisvollen Bedrohung auf den Grund zu gehen.
Bei einem Treffen mit seinem Informanten John Gitomer kommt dieser zu Tode und Lieutenant Adam Kirk, ein Freund Stottlemeyers
Captain Archer und seine Crew machen sich auf den Weg, um Informationen über die geheimnisvolle und antagonistische Rasse der Xindi zu sammeln.
Eine interne Ermittlung deutet darauf hin, dass Dr. Bashir ein Spion des Dominion sein könnte.