Shirley ist die Urgroßnichte des legendären Sherlock Holmes. In der ersten Folge lernt sie Bo kennen, den Neuen auf der Sussex Academie, einer Schule für Kinder privilegierter Eltern.

Die Wahl zum Präsidenten des Schülerrates an der Sussex Academy steht an. Dabei stellen sich Alicia und ihre Vize-Kandidatin Molly dem sehr gegensätzlichen Team Stink und Bart in einer Wahlkampfdebatte. Während der hitzigen Rede kommt es jedoch zu einem folgenschweren Stromausfall, und ein sehr wertvoller Rubinring, den Mollys Familie als besonderes Ausstellungsstück für diesen Abend zur Verfügung gestellt hat, verschwindet. Shirley und Bo, die bereits die Debatte beobachteten, verfolgen nun vielerlei Spuren. Eigentlich kommt nur ein Täter in Frage, der großes technisches Geschick und eine geniale Koordinationsgabe besitzt, doch alle verdächtigen Stink, der diese Voraussetzungen leider absolut nicht erfüllt.

In der Stadt verschwinden seit einiger Zeit Tiere auf rätselhafte Weise, und dann immer paarweise. Am spektakulärsten ist der Raub eines Komodowarans aus einer Zoohandlung. Shirley und Bo stoßen bei ihren Ermittlungen auf einen Verein, der sich die „Tierbefreiungsarmee“ nennt. Eigentlich existiert dieser Verein nicht mehr, doch eines seiner früheren Mitglieder, Abe hält sich für Noah und möchte die Tiere vor der Sintflut retten. Abe hat alle die Tiere gestohlen, und als er einen weiteren Komodowaran aus dem Zoo entführen will, um das Pärchen komplett zu machen, sind Shirley und Bo bereits zur Stelle.

Im Waschkeller der Schule findet Shirley Luisa, ein Mädchen aus Mittelamerika. Sie ist auf der Flucht vor El Condor. Ihre Tante Rita möchte ihr gerne helfen, aber auch sie wird ein Opfer des Condors. Luisa erzählt Shirley von ihrer Flucht in einer Kiste, und das ist für Shirley der erste Ansatzpunkt, der sie tatsächlich auf die Spur einer undurchsichtigen Bande führt, die illegalen Machenschaften nachgeht. Shirley kombiniert und findet die Lösung. Doch da sie sich weigert, die Polizei zu weiteren Ermittlungen hinzuzuziehen, bringt sie sich selbst und die anderen in Gefahr.

Bo jobbt in einem Rennstall, um seinen Eltern zu helfen, die drohende Kündigung wegen Mietrückständen abzuwenden. Shirley und Bo fällt auf, dass „Feuerstern“, ein Pferd, das seit seiner Geburt von Rudy betreut wird, sich charakterlich verändert hat. Es stellt sich heraus, dass die Besitzerin, Mrs. March, Rudy zwingen will, statt „Feuerstern“ ein anderes, gewinnträchtigeres Pferd unter gleichem Namen ins Rennen zu schicken. Da „Feuerstern“ kein Favorit ist, werden die Gewinnquoten hoch sein. Bo hat sein ganzes Geld auf „Feuerstern“ gesetzt. Als das Pferd beim Rennen gewinnt, stellt sich heraus, dass Rudy die Pferde wieder heimlich vertauscht hat, und er gewinnt genug Geld, um seinen Eltern aus der Patsche zu helfen.