Nachdem Nagate sein ganzes Leben in Isolation verbracht hat, muss er sich an das Leben in der Jahrhunderte alten Weltall-Kolonie gewöhnen. Dabei trainiert er als Piloten-Kadett, um eine uralte Gefahr zu bekämpfen.

Nagate wird die Erinnerungen an seinen ersten Kampf gegen ein Gauna nicht los. Später trifft er die Elite-Piloten der Sidonia.

Nagate beschützt einen Freund und legt sich so mit Kunato an. Dann greifen Gauna an und die Piloten werden zum Kampf eingerufen.

Nach einer Katastrophe an Bord der Sidonia sollen Nagate und sein Team eine wertvolle Waffe abholen. Um einen Freund zu retten, missachtet Nagate absichtlich Befehle.

Nagate und Shizuka gehen langsam die Rationen aus, während sie im All treiben. Die Sidonia befindet sich zu weit weg, um ihnen zur Hilfe zu kommen.

Nagate und seine Truppe werden zu ordentlichen Piloten ernannt, doch dann müssen sie gleich wieder in den Kampf. Nagate recherchiert über Nagates Vergangenheit.