I en ikke så fjern fremtid er der flere og flere mutanter her på Jorden. De besidder hver især en eller anden særpræget, individuel, overnaturlig evne. Men mutanterne har ikke en høj status i samfundet – og det udløser et opgør mellem de to mest magtfulde mutanter: Professor Xavier (Patrick Stewart), som kæmper for menneskeheden og Magneto (Ian McKellen), som vil overtage verdensherredømmet. Det bliver en kamp på liv og død. Filmen er instrueret af Bryan Singer (The Usual Suspects) og baseret på Marvels beræmte tegneserie.