Efter fadæsen, hvor Mystery Inc. forpurrede en sag og fangede en uskyldig, er de ikke længere velkomne i efterforskningsbranchen. Det varer dog ikke længe, inden deres gamle ven Vincent van Ghoul har brug for hjælp og sender holdet tilbage i ilden. Det hele begyndte en sommer, hvor Scooby-Doo, Shaggy og Daphne i hemmelighed fangede 12 af verdens uhyggeligste spøgelser, men lod det ondeste af dem alle – det 13. spøgelse – slippe væk. I jagten på det 13. spøgelse må holdet gøre det gamle regnskab op. Forbered dig på sneklædte bjerge i Himalaya, vilde biljagter, krystalkugler og nervepirrende forbandelser i denne skrækkeligt sjove, originale film!