Brandon Smith

Mahone bruger LJ som lokkemad for at fange Lincoln og Michael, T-Bag får sin afhuggede hånd tilbage, og en desperat redning på målstregen bringer brødrene ansigt til ansigt med deres forfølger.

McGarrett og teamet bliver viklet ind i seriemorderen doktor Grays snørklede tankespind.

T-Bag tager kreative metoder i brug for at finde Mrs. Hollander. Sucres flugtfly ender i farlig turbulens. Bellicks situation forandrer sig dramatisk, da han vender tilbage til Fox River. Michael og Lincoln bliver tilbageholdt for senere at blive fragtet tilbage til fængslet, hvilket tvinger Mahone og Kellerman til at tage drastiske metoder i brug for at sørge for, at brødrene ender i lighuset i stedet. Og så vender en overraskende person hele situationen på hovedet for alle involverede.

Sæsonens første afsnit. Brian "Smash" Williams (Gaius Charles) har taget sig afgangseksamen, og ved starten på det nye skoleår nærer træner Taylor (Kyle Chandler) betænkeligheder ved holdets styrke.

Myndiggørelse – Træner Taylor (Kyle Chandler) forbereder Smash (Gaius Charles) på universiteternes udtagelseskonkurrencer, men Smash har problemer med selvsikkerheden på banen.

Sæsonafslutning. Der træffes svære beslutninger i optakten til den store kamp.