Christian Michael Cooper

Da Abruzzis placering i fængselshierakiet falder, sætter det hele flugtplanen på spil. T-Bags sidste forhold begynder at gå dårligt, så han udser sig et nyt offer, og Michael er splittet mellem at ville beskytte den nye fyr og sin frygt for, at T-Bag vil afsløre flugtplanen for fængselsbetjentene. Efter et dobbeltmord flygter LJ for sit liv.

Michaels flugtplaner bliver bremset, da han opdager at en gammel lagerbygning, der er et vigtigt led i planen, er blevet lavet om til personalerum. Samtidig forsvinder LJ, og sammensværgelsen kræver yderligere tre liv. Udenfor murene bliver Veronica og Nick advaret på det kraftigste om at bremse deres efterforskning, og det bliver endelig afsløret, hvem en magtfuld mystisk kvinde i virkeligheden er.

Mens Lincoln og C-Note leder efter "Sheik of Light", forsøger Michael og hans cellekammerat Whip at flygte fra fængslet Ogygia. Samtidig forfølger Sarah sporene efter Michael, og de fører hende til Udenrigsministeriet, og et nervøst møde med Paul Kellerman.

Tiden er ved at løbe ud, og Michael må bede sin cellekammerat, Sucre, om hjælp til at udføre sin komplicerede flugtplan. Men Sucre nægter at deltage i planerne og beder om at blive flyttet til en anden celle, og Michaels nye cellekammerat, Haywire, er ikke et hak bedre. Samtidig møder Veronica en kvinde, som måske er i stand til at standse Lincolns kommende henrettelse.

Mens fængselsoprøret raser må Michael træffe en svær beslutning vedrørende Dr. Saras liv, og Abruzzi og Sucre arbejder sammen for at brække djævelens ryg. Samtidig arbejder T-Bag stadig på at blive inkluderet i flugtplanerne, og Lincoln ender i en livsfarlig konfrontation.

Kellerman og Hale besøger fængselsbetjenten Pope, og afslørende detaljer om hans fortid dukker op. Samtidig går det op for Michael, at han måske kommer ud af fængslet meget tidligere end ventet - men uden Lincoln. Udenfor murene er Veronica og Nick i gang med at bevise Lincolns uskyld, men Veronica begynder at have sin tvivl.