John Moore

Mens en indiansk mystiker prøver at helbrede Mulder, leder Scully efter hemmelige optegnelser om eksperimenter med rumvæsner, og hun bliver uforvarende et mål for morderen.

Mens de prøver at afsløre en regeringsplan om at lave en hybrid af mennesker og rumvæsner, får Mulder overraskende nyheder om sin søsters bortførelse.

Skinner er fanget i en aftale for at redde Scullys liv. Han hjælper storrygeren med at ødelægge beviser i et fatalt bi-angreb blot for at opdage, at han anklages for mord på falske beviser.

Mulder og Scully opdager en 12-årig clairvoyant dreng, hvis liv muligvis er i fare grundet hans evne til at opklare alle de uforklarlige fænomener i X-Files.

Mulder og Scully finder flere beviser på, at rumvæsner har i sinde at kolonisere Jorden og sætter sig for at bevare menneskehedens muligvis sidste chance for at være fri.

Efter en gruppe af mennesker, der hævder at være blevet bortført at rumvæsner, begraves levende af en gruppe ansigtsløse gerningsmænd, finder agenterne beviser på, at begivenheden har med koloniseringen af Jorden at gøre.