Manny Rubio

I sæsonens første afsnit møder vi Michael Scofield i Sona, et frygteligt fængsel i Panama, hvor et oprør har tvunget alle fængselsvagterne væk og de indsatte nu selv har ansvaret for deres liv. Michael må finde Whistler, en mystisk medfange, som gemmer sig i fængslets kloaksystem, for at hjælpe ham med at flygte. Lincoln leder efter Sara og modtager ubehagelige nyheder om LJ.

Michael er fast besluttet på at tale med Sara og får hjælp fra T-Bag til at få fat i den eneste telefon i Sona, nemlig Lecheros. Lincoln gør et dramatisk redningsforsøg. Whistler gør indrømmelser over for Michael, netop som Mahone er ved at falde tilbage i gamle vaner, og Bellick får en ny fjende.

Michael må finde Whistler, før Mahone gør det. Lincoln møder en gammel ven og får samtidigt en ny. T-Bag forbedrer sit forhold til Lechero, da de indsatte truer med et oprør på grund af manglen på vand.

Det lykkes ikke Lincoln at redde LJ og Sara, og han modtager en alvorlig trussel fra The Company. Michael udvikler en flugtplan fra Sona. Mahone hjemsøges af et ansigt fra fortiden, og T-Bag drager nytte af Bellicks konfrontation med Lechero.