Stephen E. Miller

En ung FBI-agent bliver tildelt rollen som vagthund over en anden agent, men bliver interesseret i hans undersøgelser af paranormale og uforklarlige fænomener.

Mulder bliver besat af at løse en sag, der minder om et "møde", han oplevede som barn.

Mulder og Scully leder efter et legendarisk væsen, der har strejfet rundt i New Jersey i over 40 år.

Fremtiden for X-Files-projektet bringes i fare, efter at Mulder hemmeligt har infiltreret regeringens mørklægning af en UFO-nedstyrtning.

Når en rumfærdsmission saboteres, mistænker Mulder, at en ond udenjordisk ånd, der beboer en tidligere Gemini-astronauts krop, står bag.

Mens han er forhandler i en anspændt gidselsituation, opdager Mulder, at han sympatiserer med skytten, der påstår, at han er et offer for eksperimenter fra rumvæsner.