Efter at have tilintetgjort Det Forbandede Rige og reddet Ninjago er ninjaerne pludselig blevet berømte. Men de skal passe på med, hvad de ønsker sig, for en ny ond fjende ved navn Nadakhan slippes fri, og en ny piratæra er…

Ninjaerne må finde ud af alt de kan om Nadkhan, inden han finder Rigets Krystal og befrier sin besætning. Men da ninjaerne er blevet stemplet som fjender af den verden, de plejede at beskytte, må vores helte se sig jagtede af deres…

Ninjaerne sidder uskyldigt fængslet og er langt nede, da de finder en uventet ven i en gammel fjende. Samtidig redder Nadakhan sin nødstedte besætning og får et nyt syn på tingene samt en ny gådefuld plan.

Ninjaerne er på kollisionskurs; for at finde kortet, der kan stoppe Nadakhan, må de først finde ham. Samtidig ønsker Jay at ændre sin fremtid, men risikerer i stedet at ændre sin fortid uopretteligt.

Ninjaerne sætter kurs mode en farefyldt ø for at finde den eneste ting, der skan stoppe Nadakhan. Samtidig finder Luftpiraterne ud af, hvad den store plan går ud på, og en af ninjaernes dybe hemmeligheder bliver afsløret.

Jay bliver holdt fanget på Ulykkebringeren, og sættes på en prøve, da Nadakhan gør alt hvad han kan for at tvinge ham til at bruge sit sidste ønske. Samtidig forsøger de strandede ninjaer at slippe væk fra øen.