En mutant empath på flugt fra mystiske regeringsagenter bliver reddet af et hold af andre "nye mutanter", gruppen kendt som Mutant X.

Brennan bliver taget til fange og falder under Eckharts kontrol, og han tvinges til at arbejde imod de nye mutanter.

Mutant X kommer til hjælp for en teenager New Mutant, der forfølges af russerne, fordi hun har hemmeligheden bag et nyt våben, der er rettet mod mutanter.

Shalimar kommer tæt på en anden vildmand, da det er "lyst ved første blik", men tingene bliver kompliceret, da hendes nye kæreste forsøger at finde en kur mod sin sygdom.

En ny mutant bliver kidnappet fra sin familie, og Mutant X sætter sig for at genfinde ham og finde ud af, hvad Eckharts interesse i ham er.

Da en pest, der kun rammer mutanter, hærger, bliver Adam og Eckhart enige om at arbejde sammen for at finde en kur.