Está programada la fecha de pena de muerte de Lincoln Burrows por un asesinato que su hermano menor Michael está convencido de que no cometió. Sin otras opciones ni tiempo, Michael toma medidas drásticas para ser encarcelado junto a su hermano. Una vez dentro, Michael, un ingeniero estructural con los planos de la prisión, comienza a ejecutar un elaborado plan para sacar a Lincoln y demostrar su inocencia.
Kellerman y Hale visitan a Warden Pope, cuyo pasado puede no ser tan angelical como parece. Mientras tanto, Michael se entera de que podría salir de Fox River mucho antes de lo que esperaba, sin Lincoln. Fuera de los muros, la investigación de Veronica y Nick para demostrar la inocencia de Lincoln le da sus propias dudas.
El tiempo se acaba, y Michael debe contar con la ayuda de su compañero de celda Sucre para ejecutar su elaborado plan de escape. Pero Sucre no quiere participar y pide que lo transfieran, y el nuevo compañero de celda de Michael, Haywire, es incluso peor de lo que parece. Mientras tanto, Veronica conoce a una mujer que puede ayudar a frenar la ejecución de Lincoln.
Una serie de recuerdos de hace tres años revela cómo Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note y la Dra. Sara terminaron en la Penitenciaría Estatal de Fox River, y qué llevó a Michael a diseñar su elaborado plan para sacar a su hermano condenado de la prisión.
Cuando Haywire adivina la intención de los planes de Michael, retrasa aún más su planificación para escapar. Mientras tanto, Sucre cambia de opinión y las pesadillas de Lincoln sobre su ejecución se intensifican. Fuera de los muros, Veronica se une a un abogado defensor que puede ser impulsado por algo más que la justicia.
