El equipo de la UAC está tras la pista de un asesino en serie que tiene como objetivo familias de todo el medio oeste. A Morgan le preocupa que Ellie huya de su familia de acogida para visitarlo.
El capitán Barnes (Michael Chikilis) crea una fuerza especial de policía con la ayuda de Gordon, mientras que Penguin (Robin Lord Taylor) se involucra en un favor a Galavan (James Frain).
Mientras que Gordon desafía a un sospechoso vinculado con Galavan, Bruce se acerca un paso más para descubrir el nombre del asesino de sus padres.
Butch (Drew Powell) lleva a Penguin al almacén donde se encuentra secuestrada su madre (Carol Kane) y Penguin planea su venganza contra el nuevo alcalde de Gotham, Theo Galavan.
Cuando secuestran a Bruce Wayne, Gordon debe acudir a unos aliados peligrosos e inesperados. En esta batalla de villanos, no todos saldrán vivos en el final de la temporada.