Brennan determina que Charlie fue abusado sexualmente antes de ser asesinado, lo que lleva a Booth a concluir que están en la búsqueda de un pedófilo en serie. Cuando el principal sospechoso es eliminado, Booth y Brennan hacen una visita desgarradora a la madre de Charlie, Margaret, para informarle que el asesino de su hijo sigue suelto.
En el inicio de la quinta temporada, Hotch desaparece mientras el equipo traza el perfil de un asesino que tiene como objetivo a un médico de urgencias y a su hijo.
Karla posee un secreto que complica la relación entre David y Keith. Claire se interesa por la fotografía y trata de determinar su futuro.
Doug decide gastar el reembolso de impuestos de los Heffernan en un camión de helados. Mientras tanto, Carrie toma un trabajo como "mamá" para casas modelo y descubre un resurgimiento de sus deseos maternales.