En el estreno de la serie, los miembros de la unidad más exclusiva de los Navy SEAL deben sortear tanto su vida profesional y personal mientras entrenan, planifican y ejecutan las misiones más peligrosas y de alto riesgo que el país puede pedirles.
Cuando un paciente que sufre anorexia no puede ganar el peso necesario para sobrevivir a una operación de corazón, Claire sugiere que realicen una cirugía experimental a la que Melendez se opone rotundamente. A Shaun le preocupa que la negativa de Glassman a caminar por la planta del hospital impida que le den el alta e intenta persuadirlo para que deambule.
La misión del equipo Scorpion de encontrar un tesoro hundido se complica cuando el barco de Walter y Paige explota y los deja en el océano Pacífico rodeados de tiburones.
Durante una misión en el desierto, una explosión de metralla hiere gravemente a Cabe, por lo que el equipo Scorpion debe congelar su cuerpo para salvarlo.
En Acción de Gracias, la nueva vecina del equipo Scorpion, Florence, se embarca con ellos en una misión para destruir una isla flotante de basura, pero su contribución los deja a ella, a Walter y a Happy varados en la isla que se disuelve.
