T11, E1: Seis meses después de lo acontecido en la última temporada Booth, Brennan, su hija Christine y su nuevo bebé están viviendo una aparente vida de ensueño en un mundo alejado de los asesinatos que dejaron atrás. Sin embargo, un caso que les toca muy de cerca obliga a Brennan a volver para hacer el análisis forense de los restos. Booth desaparece de manera misteriosa, lo que lleva al FBI, dirigido por la agente Grace Miller (Kim Raver), a investigar sobre su paradero. Esta trabaja en el caso junto al agente del FBI James Aubrey. El ambiente se vuelve tenso cuando Miller intenta investigar a alguien del equipo como principal sospechoso. El caso también lleva a Brennan a contactar con un miembro de la familia de Booth. Arastoo Vaziri, que lleva trabajando como principal antropólogo forense del laboratorio desde que se marchó Brennan, espera que ese trabajo temporal se vuelva fijo.