Cuando el exaltado entrenador de baloncesto de Luke y Manny dimite en pleno partido, Jay y Phil tratan de ocupar el puesto. Claire y Gloria tienen dificultades para aceptar que quizá ya no sean lo más importante en las vidas de sus hijos, y Mitchell lleva a Cameron a conocer a un posible nuevo jefe, pero la personalidad de Cameron no ayuda a causar buena impresión.
Seguridad Nacional se adueña inexplicablemente del caso de un coche bomba y Castle y Beckett se encuentran con dos misterios entre manos: quién ha matado a la víctima, un crítico del gobierno, y por qué los agentes federales intentan adueñarse del caso. El argumento se complica cuando descubren que la víctima no murió a causa de un coche bomba, sino por un misil de un dron militar.
El equipo revisita el laboratorio de Walter en Harvard.
Durante su captura, un sospechoso de ser un asesino en serie es herido y cae en coma. Cuatro años después, se despierta sin memoria, incapaz de recordar ni su propio nombre, y mucho menos los crímenes que supuestamente cometió. El equipo usará huellas cerebrales para encontrar el modo de demostrar su culpabilidad sin reavivar sus instintos asesinos.
Se encuentra el cadáver del padre de un inventor sin mucho éxito. Cuando aparece un segundo cadáver, el equipo tiene que seguir un rastro de engaños para averiguar quién era el verdadero timador en la vida del inventor. Brennan tiene una cita con el hermano pequeño de Booth, que le ayuda a comprender mejor a su compañero.