En el estreno de la segunda temporada, Jane y Lisbon se enteran que el caso de John el Rojo ha sido asignado nuevamente a un nuevo equipo de la CBI dirigido por el recto oficial de policía Sam Bosco.
Patrick Jane, el agente Lisbon y el equipo de la CBI investigan la muerte de un hombre rico del que los testigos afirman que fue asesinado por un fantasma que habita en su mansión. Rigsby y Van Pelt se sienten atraídos el uno por el otro.
Incluso después de que Bosco arreste a Jane y le meta en la cárcel por espiarlo, Jane obtiene la ayuda del equipo de la CBI en su celda para resolver el caso del asesinato de un hombre joven.
El equipo de la CBI investiga el asesinato de un prominente ayudante del senador, mientras que Jane simultáneamente intenta descubrir que nueva información ha descubierto el agente Bosco sobre el caso de John el Rojo.
Patrick Jane y el equipo del CBI deciden llevar a cabo su propia investigación cuando se acusa a Lisbon de asesinar a un pederasta infantil que estaba bajo fianza, que ella había detenido en el pasado.