Clark prueba los límites de su poder al salvar a su amigo telépata, Ryan, de un doctor malvado que quiere controlar sus poderes.
La agente Dana Scully tiene órdenes de desarticular un proyecto del FBI denominado "Expedientes X", que son casos relacionados con lo paranormal y que han sido reabiertos por el agente Fox Mulder.
El tío abuelo de Lana, condenado por asesinar a su esposa hace 40 años, le muestra a Lana la foto del hombre que cree que la mató.
Mientras un místico nativo americano intenta curar a Mulder, Scully investiga archivos secretos sobre experimentos alienígenas y se convierte, sin saberlo, en el objetivo de un asesino.
Mulder deja su nuevo puesto para investigar un contacto con extraterrestres en Puerto Rico. Scully trata de seguirle la pista después de que el FBI la haya interrogado sobre su desaparición.