Shinichi Kudo es un adolescente, famoso en todo el país por sus habilidades detectivescas. Un día queda con su amiga de la infancia Ran Mouri en el parque de atracciones Tropical Land, y en la montaña rusa del mismo ocurre un asesinato.

Shinichi se da cuenta de que el veneno lo ha encogido, y después de llegar a casa, pide ayuda a su amigo el Profesor Agasa. Le advierte que debe ocultar su verdadera identidad bajo el nombre de Conan Edogawa.

Conan se niega a caminar de la escuela a su casa con sus nuevos compañeros de clase, Ayumi, Mitsuhiko y Genta. Por otra parte, la cantante Yoko Okino, solicita los servicios de Mouri contra un acosador.

El jefe de una mafia italiana, Dino Cavane, fue detenido por la policía, pero el paradero de las 15.000 monedas de oro que robó todavía sigue siendo un misterio.

Conan, junto con Ran, Ayumi, Mitsuhiko y Genta acompañan a Kogoro en el tren bala para ir a la boda de un amigo en Kyoto. En el viaje se encuentran con dos hombres sospechosos, que hacen una transacción ilegal con un contacto.

Ran es invitada a una fiesta por el día de San Valentín a la que decide ir junto con Sonoko, su mejor amiga.