S1, E3: Un mois après les élections, les Kennedy accueillent un nouveau bébé – JFK Jr. Jackie tient à sa vie privée mais Jack n’hésite pas à partager le nouveau-né avec les médias. Jack et Bobby tentent de convaincre leur père que ce serait une grave erreur de nommer Bobby comme Procureur général. Mais, Joe Sr. insiste : Jack a besoin de quelqu’un de fidèle et il veut que Bobby soit tout près pour "surveiller" Jack. Les deux frères sont décidément contrariés, mais ce que Joe Sr. désire, Joe Sr. obtient. Maintenant à Washington, il existe un individu encore plus vexé que Jack et Bobby. Il s’agit du Directeur du FBI, J. Edgar Hoover, qui doit dorénavant accepter Bobby comme son patron. Après la déclaration d’investiture de Jack durant laquelle il fait appel au public américain : "Ne demandez pas ce que l'Amérique peut faire pour vous, demandez plutôt ce que vous pouvez faire pour l'Amérique", nous sautons directement à la rencontre au sujet de l’invasion de la baie des Cochons. Jack apprend qu’il y a un plan approuvé par Eisenhower qui entraînerait des mercenaires au Nicaragua pour attaquer le Cuba de Fidel Castro. Presque tous les conseillers de Jack, militaires et civils, l’encouragent à procéder avec l’invasion. Mais il est incertain quant à la viabilité du plan et il est soucieux que l’opération soit liée aux États-Unis, causant ainsi des problèmes majeurs avec l’allié principal de Cuba, l’Union soviétique. Jack exclut consciemment Bobby des discussions car la politique étrangère n’est pas une de ses forces. Finalement, Jack donne l’ordre d’envoyer les mercenaires. Entre temps, Bobby désire contrôler le flux d’informations du département de justice et il se dispute avec J. Edgar Hoover à ce sujet. Hoover décide de faire du mal à Bobby du seul moyen qu’il peut, à travers son frère le Président. La peur ultime de Jack en ce qui concerne la baie des Cochons devient une réalité. Les mercenaires sont mis en déroute par les troupes de Castro et subissent de lourdes pertes. Jack fait face à un dilemme difficile : intervenir et admettre la participation des États-Unis ou ne rien faire et laisser mourir les mercenaires. Il ne veut surtout pas donner à l’Union soviétique une raison d'intervenir militairement. Il choisit donc de ne rien faire. Une fois le chaos terminé, cent quatorze mercenaires sont tués et mille cent quatre-vingt-neuf sont capturés. Jack est rempli de culpabilité et il envoie Jackie et les enfants au Massachusetts pendant qu’il contemple comment réagir face à cette situation. Pendant l’absence de Jackie, Jack a une relation sans lendemain avec Judy Campbell qui lui a été présentée par Frank Sinatra durant la campagne de 1960. Devant l’insistance de Joe Sr., Bobby approche Jack pour lui offrir son aide. Il suggère que Jack divulgue publiquement son erreur concernant l’incident de la baie des Cochons. C’est risqué mais en fin de compte c’est la chose à faire. Le public admire l’honnêteté de Jack. Jack réalise que Bobby doit dorénavant être consulté pour toute décision majeure. À Hyannis Port, Jackie se lie d’amitié avec sa belle mère Rose Kennedy car elles ont quelque chose en commun : des maris infidèles. De retour à la Maison Blanche, Jack et Bobby sont soulagés que la crise soit passée. Mais un nouveau défi ne fait que s’annoncer. Le Directeur du FBI, Hoover, les informe que le Bureau est au courant de l’aventure du Président avec Judy Campbell, qui est aussi la maîtresse du mafioso Sam Giancana. Hoover veut faire savoir au Président et à son frère qu’il possède des renseignements dommageables à leur sujet. Les frères réalisent qu’il y a une source de pouvoir plus importante que la leur à Washington.