Un agent de la navy est retrouvé mort au beau milieu de la jungle. Tout semble à croire qu'il s'est suicidé, mais de nombreux indices découverts par l'équipe du 5-0 indiquent le contraire.
Steve, accompagné des anciens membres encore vivants de l'opération Marrakech, ainsi que de Junior et Danny, se met en chasse afin de retrouver le meurtrier de Joe. Pendant ce temps-là, Tany, Grover et Adam enquêtent sur un sac d'ossements retrouvé dans un box de stockage...
Pendant que le 5-0 enquête sur le meurtre d'une journaliste, McGarrett se voit demander une faveur par Jenna : sauver son ex-fiancé, retenu en otage en Corée du Nord. Sur place, lorsqu'il s'avère que McGarrett tombe dans un piège tendu par Wo Fat, les membres de l'équipe, menés par Joe White, partent sauver leur partenaire.
Suite à l'assassinat d'un agent de sécurité sur un chantier, le 5-0 découvre que l'endroit servait de cimetière clandestin aux Yakusa. Kono interroge son petit ami Adam sur cette affaire et se met à douter des liens qu'il entretiendrait encore avec le milieu. Par ailleurs, Steve découvre que sa mère a piraté le fichier des empreintes du FBI et s'apprête à monter une opération dangereuse contre le Directeur du renseignement national.
La femme et la fillette aveugle, précoce pianiste virtuose, du capitaine de marine Watson sont kidnappées chez elles, sans aucune effraction. Le ravisseur réclame le transfert de 2 millions de dollars sur un compte avant la fin de la journée. L'équipe de Gibbs utilise alors les mêmes procédés de piratage et de surveillance que le preneur d'otage pour déjouer son plan. Abby et McGee se chargent de cracker le Pentagone en quelques heures, réfugiés dans une morgue suite à la défaillance de la climatisation en plein été...
