Sloane commence à soupçonner Sydney et un ingénieur à l'identité mystérieuse. Pendant ce temps, Bristow et Vauchn travaillent avec un expert en informatique de la CIA pour éliminer l'organisation du SD-6.
Sydney travaille sous couverture dans un hôpital psychiatrique afin d'obtenir des informations sur un homme qui a travaillé comme tueur à gages dans le passé.