Un convoyeur de fonds qui avait fait une pause pour déjeuner sur un parking de supermarché se fait tuer. Monk ne peut prendre part à l'enquête car il doit se rendre chez son frère Ambrose. Ce dernier a reçu un appel de leur père qu'ils n'ont pas revu depuis des années et qui a promis de passer les voir ce jour-là.
L'équipe doit intervenir à Salt Lake City, dans l'Utah, suite aux meurtres d'un couple et d'un agent de sécurité, vraisemblablement victimes du même tueur. En se rendant sur les lieux de l'assassinat du vigile, Rossi et Morgan comprennent que le tueur est peut-être accompagné d'un complice ou tout du moins d'un otage.
Le soir d'Halloween, la fille du Sergent Niles est enlevée sous les yeux de son père. L'équipe de Gibbs se charge de retrouver la fillette du couple en pleine séparation, tout en négociant la rançon avec les kidnappeurs.
Lors d'une enquête sur des terroristes proches d'Al Qaida, Gibbs est sérieusement blessé dans l'explosion d'une bombe. Après quelques jours de coma, ce dernier se réveille avec une sérieuse perte de mémoire et se croit dix ans en arrière, au sortir de la guerre du Golfe. Son état de santé plonge ses coéquipiers dans l'expectative et compromet l'enquête que Tony reprend.
Gibbs est de retour au NCIS pour s'occuper de l'évasion de Derrick Paulson. Gibbs réouvre le dossier du suspect et va interroger un marin à la retraite, Mickey Squire, la seule personne en contact avec Paulson durant sa détention.