Un virus inconnu a causé la mort de 2 détenus dans un pénitencier fédéral. Une quinzaine de prisonniers semblent eux aussi contaminés par ce mal inexplicable. Le FBI est saisi de l'affaire lorsque 2 prisonniers réputés dangereux profitent de la situation pour se faire la belle...
Un bateau de sauvetage français recherche la carcasse d'un avion de la seconde guerre mondiale tombé dans le Pacifique. Un plongeur envoyé en éclaireur y découvre le pilote encore vivant, une membrane noire lui recouvrant les yeux.
Mulder et Scully protègent la vie de Smith, mystérieux personnage qui a décidé de tout révéler au sujet de la conspiration gouvernementale. Smith est doublement précieux car il possède le pouvoir de ramener les gens à la vie.
Scully vient d'apprendre qu'elle est atteinte d'une tumeur inopérable, située entre les sinus et le cerveau. Elle décide de contacter une association de femmes, qui ont autrefois été enlevées et ont toutes développé la même maladie après s'être fait ôter une plaque de métal du cou.
Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes en se faisant passer pour Mulder.
