Si la Cité académique ne semble pas en ébullition après les événements du 30 septembre, la crise est bien plus profonde qu'on ne le croit : preuve en est, un membre du Comité de direction de la Cité académique apostrophe Tôma concernant le conflit larvé entre la Cité et l'Église romaine.

En plein conflit à Avignon, Tôma et Itsuwa affrontent Terra, un membre du Siège à la droite de Dieu. Ce dernier semble connaître ce qui se cache derrière le mystérieux Imagine Breaker de Tôma…

Group est chargé de veiller sur les arrières de la Cité académique en empêchant les agissements, dans l'ombre, de plus petites organisations. L'une d'entre elles, menée par un Niveau 5, semble déterminée à semer le chaos.

Le groupe Block prépare une opération armée d'envergure que Group tente d'interrompre. Musujime se retrouve au milieu et la cible d'un conflit où d'autres entités, comme School ou Member, viennent se mêler.

Teikoku Takine, déterminé à en découdre avec Aleister, décide d'attaquer le groupe Item pourtant composé d'espers de haut niveau. Un de ses membres, Hamazura, Niveau 0, essaie tant bien que mal de venir en aide à sa partenaire Takitsubo convoitée pour son pouvoir.

Suite à l'opération sur Avignon, retour à une vie quotidienne pour Tôma : mission commando pour se nourrir le midi, essayer de motiver Index à faire le ménage… mais c'était sans compter le squat d'Itsuwa qui affirme devoir assurer la protection de Tôma à cause de la menace du Siège à la droite de Dieu.