Depuis l'invasion extraterrestre, l'humanité s'est réfugiée sur la Lune. 2B, une androïde parmi tant d'autres, est envoyée sur Terre. Sa mission : abattre le Goliath et récolter des informations.

Le conflit fait rage sur Terre, entre les formes de vie mécaniques, qui évoluent, et les humains, aidés des androïdes. La résistance, toujours sur le front, commence à se demander si la guerre prendra un jour fin.

2B et 9S rejoignent, avec Lily et son groupe, le camp de la Résistance. Ils y retrouvent Psycho, toujours prête à en savoir plus sur les machines. C'est donc à trois qu'ils se rendront dans le désert pour mener l'enquête confiée aux androïdes.

De retour au camp, 2B et 9S font leur rapport concernant leur précédent combat face à des robots bien avancés. Une nouvelle mission les attend : retrouver une unité YoRHa qui a disparu en laissant un message énigmatique.

2B et 9S sont envoyés dans un village de machines, à la demande de la Résistance. Les deux androïdes sont surpris de voir une communauté de formes de vie mécaniques aussi avancée et non hostile. Ils rencontrent un certain Pascal.

2B, 9S et Lily sont en mission. La jeune résistante est troublée par des souvenirs de son passé et en fait part à 2B, ayant justement rencontré un androïde du même type que cette dernière.