Der Kampf der Menschheit gegen Festum, eine aggressive außerirdische Rasse, dauert an. Obwohl kein Ende in Sicht ist, kämpfen die jungen Piloten tapfer für ihre Insel weiter. Sie steuern Fafner, eine edle Waffe, mit der dRyugujima verteidigt wurde. Soushi hadert mit seiner Menschlichkeit und den kommenden Kämpfen. Ist ein Sieg überhaupt möglich? Sie müssen weiterkämpfen, um es herauszufinden.