La agente del FBI Audrey Parker llega a Haven, Maine en un caso de rutina, pero su investigación y una serie de fenómenos inexplicables la llevan a descubrir el misterioso lado obscuro de la ciudad.
La nueva temporada de Haven comienza cuando Audrey y Nathan descubren una amenaza sobrenatural que provoca plagas mortales en la ciudad, todo mientras lidia con un visitante de la ciudad que comparte el nombre y los recuerdos de Audrey.
Una serie de asesinatos en la reunión de Haven High School lleva a Nathan y Duke de regreso a su antigua escuela para ayudar a Audrey a buscar al asesino.
En el final de la tercera temporada, Audrey, Nathan y Duke se enfrentan al asesino de Bolt Gun y al trágico destino de Audrey.
Audrey debe responder por sus acciones mientras está prestada al Departamento de Policía de Haven cuando su jefe va a interrogarla. Pero la situación se descontrola cuando los amigos de Audrey son secuestrados mientras están a bordo del barco de Duke.