El Aquarion, un gigantesco vehículo de combate mecánico, es la mejor arma de la humanidad contra las amenazas interestelares. Los pilotos humanos han entrenado y trabajado juntos durante miles de años para derrotar a los Shadow Angels, Abductors invasores y monstruos de energía cinética. Nuevamente, la humanidad debe recurrir al Aquarion. Con el destino de la Tierra en juego, ¿será suficiente el Aquarion para salvar a la humanidad?