一架飛機降落在紐約市，機上所有人都死了，疾控中心金絲雀項目的負責人谷以風博士及其團隊被要求進行調查。哈林區的當鋪老闆沙伯恆飛奔到機場，他確信這個起初看起來像神秘病毒的爆發可能是更邪惡事情的開始。

四個倖存者開始表現出奇怪的癥狀，但隨着假新聞的傳播，谷以風和馬樂華試圖對他們進行隔離的努力失敗了。同時，在監獄裏，一個老熟人——非常老的熟人——突然來探訪沙伯恆。

谷以風和馬樂華努力拯救雷菲恩隊長的命，然後面對病毒的可怕影響。老鼠襲擊事件的激增讓費威利感覺在城市的深處正在發生一些莫名其妙的事情。從監獄中獲釋後，沙伯恆開始了自己無情的計劃，以阻止疾病的傳播。

一次秘密驗屍顯示了神秘病毒的離奇發展，促使簡志做出了驚人的懺悔。谷以風和馬樂華競相尋找飛機悲劇中最年輕受害者的父親，但有人出乎意料地比他們更快。

隨着馬樂華的離去，谷以風不情願地加入了沙伯恆的探索，希望能收集到足夠的證據來保證全市範圍的隔離。費威利在地鐵隧道內遇到了意想不到的情況，而一場醫療事故威脅著柏艾哲的藍圖。

在警告谷嘉莉在瘟疫蔓延之前與谷碩克離開城市之後，谷以風被聯邦調查局逮捕。顏通明為格斯安排了最後一項工作，而沙伯恆意識到即將到來的日食是病毒感染的轉折點和末日的開始。