T1, E1: Hajime Kindaichi asiste al instituto Fudo, donde se rumorea que hay siete misterios. Se dice que cualquiera que se entere de los detalles del séptimo misterio será maldecido y asesinado por el Fantasma de Después de la Escuela, el cual acecha en el viejo edificio de la escuela. Miyuki Nanase, del Club de Misterio, y algunos amigos deciden investigar los misterios. Una noche, Miyuki recibe una llamada telefónica de Sakuragi, y se apresuran a ir al viejo edificio de la escuela. Cuando llegan a la sala de biología, que está cerrada con llave, ¡ven a Sakuragi colgado del cuello! También ven la sombra del Fantasma de Después de la Escuela, pero cuando rompen la puerta y entran, no hay nada. Sin embargo, al día siguiente se descubre el cadáver de Sakuragi. El inspector Kenmochi, Saki y los otros miembros del Club del Misterio, Tachibana y Matoba, estuvieron presentes en el edificio de la vieja escuela la noche anterior, por lo que comienzan a investigar. Miyuki se arrepiente de haber investigado los siete misterios, y una vez que otros son víctimas, se da cuenta de que ella podría ser la siguiente. Además, se descubre que un estudiante que investigó los misterios diez años antes está desaparecido desde entonces. Kindaichi jura resolver el misterio. ¿Qué dolorosas verdades se esconden en este extraño caso de asesinato en una sala cerrada?