Marcado por el Segundo Impacto, el Cuarto Ángel ataca Tokio III y el destino de la humanidad queda en manos de la Agencia Especial Gubernamental NERV. Shinji Ikari debe pilotar el EVA-01. Él y el piloto del EVA-00, Rei Ayanami, deben luchar, pero el el Sexto Ángel daña al EVA-01. Misato Katsuragi planea dirigir la electricidad de Japón al cañón de positrones del EVA-01 para derrotar al Ángel.