¡Cuando un gran problema amenaza la gran ciudad, depende de Ash, Pikachu y sus amigos el detenerlo! Un vasto hábitat Pokémon en medio del ajetreo de la gran ciudad parece ser el perfecto nuevo hogar para un grupo de cinco Genesect. Pero la llegada de estos Pokémon Míticos pronto se vuelve un problema: su nido pone en riesgo el suministro de energía de la ciudad y ellos siguen atacando a cualquiera que se acerque. Además de eso, han atraído la atención del Pokémon Legendario Mewtwo, quien simpatiza con ellos porque sus propios orígenes también involucran la manipulación humana. Su líder, un Genesect Rojo, no confía en Mewtwo, ¡y su confrontación rápidamente se sale de control! ¿Podrán Ash y sus amigos detener a estos dos poderosos Pokémon antes de que destruyan la ciudad?