Un cetro mágico comprado por la periodista April O'Neill la transporta accidentalmente al Japón del siglo XVII. Las Tortugas Ninja Adolescentes Mutantes también viajan en el tiempo para salvarla, pero Miguel Ángel se pierde en el grupo. Para encontrarlo nuevamente y salvar a April, Donatello, Raphael y Leonardo deben ayudar a un pueblo a enfrentar al malvado Lord Norinaga.